Reglerna har justerats något till 2017. Nu jämförs inte längre det antal arter man observerar med det antal arter som rapporterats i kommunen i november någonsin, utan endast de tio senaste åren.
Området för Vattenrallyt består av de 26 kommuner som ligger helt eller delvis i Uppland enligt listan nedan. För detaljer om var de olika kommungränserna går gäller Länsstyrelsens offentliga kommunindelning (lila gränser). Notera att tre kommuner endast delvis tillhör Uppland, landskapsgränsen inom dessa kommuner framgår sist i det här dokumentet.
Tävlingen pågår mellan 1 november kl. 00.00 och 30 november kl. 23.59. Det antal arter som man observerar i en kommun jämförs med totalantalet rapporterade fågelarter i kommunen i november de tio senaste åren (2007–2016) så att man får fram en procentsiffra (se exempel nedan). Högst procentsiffra vinner. Alla kommuner tävlar mot varandra.
Exempel: I Uppsala kommun har det under 2007–2016 setts 144 arter i november. Person 1 ser 120 arter i Uppsala, vilket ger 120/159 x 100 = 83,33 %. Person 2 har sett 102 av 116 arter i Älvkarleby kommun, vilket ger 102/124 x 100 = 87,93 %, och vinner således över person 1 trots att hen sett färre arter. Det är möjligt att nå siffror över 100 % om man ser fler arter än vad som tidigare noterats i kommunen under november månad.
Alla deltagare har rätt att delta i fritt antal kommuner.
Observatören ska befinna sig inom kommunen när observation görs. Fågeln kan alltså befinna sig utanför kommunen men måste ses eller höras från en plats inom kommunen (och inom Uppland).
Fåglar som ses i samband med ringmärkning får räknas.
Alla arter ska rapporteras i rapportformuläret samt på Artportalen senast dagen efter observationen för att få räknas. Sällsynta arter ska larmas enligt de regler som gäller för de olika larmsystem som finns, t.ex. BAND: Fåglar i Uppland, Älv-X eller Bird Alarm (Club300).
Det finns en EKO-klass och en fri klass; deltagare i EKO-klassen tävlar automatiskt även i den fria. För varje klass utdelas tre priser som har sponsrats av Granngården. Om man vill delta i EKO-klassen skriver man ”EKO” efter sitt namn i rapportformuläret. I EKO-klassen får du räkna arter som du sett eller hört om du transporterat dig till arten på ett miljövänligt sätt. Man utgår från platsen där man är folkbokförd. Transporter inkluderar all form av muskelkraft (cykel, gång, skateboard, skidor, rodd, simning, etc.) samt kollektivtrafik som ändå skulle ha gått. Dit räknas ej flyg. Man får ej heller lifta med bil eftersom det i så fall kan uppstå tolkningsproblem.
Vid eventuella tveksamheter kring rallyts regler eller hur dessa efterföljs är det UOFs styrelse som är ansvarig och slutgiltig domare.
Prisutdelning sker i samband med föreningens fest Näktergalan som går av stapeln lördagen den 9 december. Ifall någon av de topplacerade inte deltar på festen får hen ett hedersomnämnande, men priset tillfaller nästa person i resultatlistan. Se programmet för mer information om Näktergalan.
Kommuner i Uppland och antal arter rapporterade i november 2007–2016 (enligt Artportalen per 2017-10-07):
| Kommun | Antal arter | Kommun | Antal arter |
| Danderyd | 87 | Stockholm (del av)2 | 130 |
| Ekerö | 117 | Sundbyberg | 77 |
| Enköping | 157 | Tierp | 165 |
| Heby | 96 | Täby | 101 |
| Håbo | 104 | Upplands Väsby | 82 |
| Järfälla | 123 | Upplands-Bro | 114 |
| Knivsta | 117 | Uppsala | 144 |
| Lidingö | 102 | Vallentuna | 118 |
| Nacka (del av)1 | 108 | Vaxholm | 52 |
| Norrtälje | 148 | Värmdö (del av)3 | 151 |
| Sigtuna | 123 | Älvkarleby | 116 |
| Sollentuna | 108 | Österåker | 87 |
| Solna | 95 | Östhammar | 132 |
1 Nacka kommun: endast Orminge/Boo ingår i Uppland, gränsen går i Skurusundet och Lännerstasundet. Artantalet avser hela kommunen.
2 Stockholms kommun: Bromma ingår i Uppland, likaså Stora/Lilla Essingen, Kungsholmen, Gamla Stan, Djurgården. Långholmen och Södermalm hör till Södermanland. Artantalet avser hela kommunen.
3 Värmdö kommun: större delen av kommunen ingår i Uppland, dock ej Nämdö och söderut. Ladholmen/Aspön och Brandskärgården hör till Uppland medan Käckskär och Bullerö hör till Södermanland. Artantalet avser hela kommunen.